El Cisma de Basilea
Tan evidente era el éxito del concilio de Ferrara y Florencia, que a los basilenses no les quedó otra alternativa que la de someterse o declararse abiertamente en cisma. Se decidieron por este último partido y nombraron un antipapa. Como necesitaban un nombre prestigioso, dirigieron sus ojos a Amadeo VIII, conde y desde 1416 duque de Saboya, quien después de enviudar había pasado en parte el gobierno a su hijo y vivía junto al lago Leman, llevando una especie de vida anacorética.
Contra lo que podía esperarse, este príncipe, por lo demás muy avisado, aceptó el nombramiento y se hizo consagrar obispo. Tomó el nombre de Félix V. El Gran Cisma estaba aún tan vivo en el recuerdo de todos, que este pequeño cisma no despertó el menor entusiasmo. De todos modos, los monarcas no dejaron escapar la oportunidad que se les ofrecía de arrancar a la Iglesia algunas concesiones.
Carlos VII de Francia, ya antes de la elección de Félix V, basándose en los decretos de Basilea había promulgado la Pragmática Sanción de Bourges (1438), por la que la Iglesia francesa se hacía casi independiente del papa, sentando así los cimientos de lo que más tarde se llamaron «libertades galicanas». Los príncipes electores alemanes se declararon, ante los dos papas, en una especie de neutralidad.
Alfonso V de Aragón reconoció a Félix V. No es que lo considerara seriamente como legítimo, pero le interesaba tener una prenda en la mano para poderla cambiar contra Nápoles. Juana II, la última Anjou, había adoptado a Alfonso de Aragón, que era ya rey de Sicilia, y le había designado como heredero de Nápoles. Al rey le faltaba aún la conformidad del papa, en su condición de soberano feudal.
Pero Eugenio IV hubiera preferido dar la corona al duque Renato, de la línea segundona de los Anjou, el cual se consideraba también heredero. Alfonso venció en batalla a Renato y propuso al papa el compromiso siguiente: él abandonaría a Félix V y en cambio el papa le concedería la investidura del reino de Nápoles y le permitiría que designara como sucesor en este reino (pero no en Aragón) a su hijo bastardo Ferrante. El tratado se hizo efectivo en 1444. El obispo de Valencia, Alfonso Borja, había vuelto en esta ocasión a prestar sus buenos oficios, y en recompensa fue nombrado cardenal.
La ciudad de Roma quedaba así resguardada de todos los lados y Eugenio IV, después de una ausencia de nueve años, pudo finalmente regresar a la capital. Desde entonces, sólo en raras ocasiones han dejado los papas la Ciudad Eterna para una ausencia algo larga.
Las negociaciones con los príncipes alemanes y con el nuevo emperador Federico III se desarrollaron también favorablemente. El papa las condujo a través de Parentucelli y Nicolás de Cusa, el emperador a través de su secretario Eneas Silvio Piccolomini. Eugenio IV no vivió lo bastante para ver su conclusión, pero murió sabiendo ya que el cisma de Basilea había terminado.