La compañía de Jesús
Pero la orden de clérigos regulares que mayor difusión había de alcanzar fue la Compañía de Jesús u orden de los jesuitas, aprobada por Paulo III en 1540. Fue su fundador San Ignacio de Loyola, un caballero español oriundo del País Vasco. Ignacio, o Íñigo, había sido gravemente herido en el sitio de Pamplona de 1521; obligado a guardar cama durante largo tiempo, la lectura de vidas de santos operó en él una conversión y se decidió a consagrar su vida al servicio de Dios.
Instruido en los elementos de la vida de piedad por los benedictinos catalanes de Montserrat, en 1523 emprendió él sólo una peregrinación a Palestina, para, según el antiguo espíritu de los cruzados españoles, dedicarse a convertir mahometanos. Pero los franciscanos que la Iglesia había designado como custodios oficiales de los Santos Lugares, no querían saber nada de predicadores espontáneos y enviaron a su casa al peregrino. Ignacio comprendió que necesitaba ordenarse de sacerdote y empezó a estudiar, primero en Barcelona, luego en las universidades de Alcalá y Salamanca, y finalmente en París.
Entre los estudiantes de la Sorbona encontró compañeros de grandes dotes, entre ellos el piadoso saboyano Pedro Fabro, el inteligente español Laínez, destinado a desempeñar un gran papel en el concilio de Trento, y otro que había de ser uno de los más famosos santos de la Edad Moderna: Francisco Javier. Con estos y otros compañeros, en 1534 Ignacio hizo en Montmartre los votos de la orden.
Al propio tiempo se comprometieron a realizar un viaje a Tierra Santa, probablemente no para quedarse allí, sino sólo como peregrinación. Viéndose frustrado este plan por la guerra de Venecia contra los turcos, los compañeros, que entretanto habían recibido las órdenes, se trasladaron a Roma para ponerse a disposición del papa. Paulo III, aconsejado por Contarini, aprobó la nueva orden y empezó en seguida a servirse de sus miembros. A instancias del rey de Portugal envió en 1540 a Francisco Javier a la India.
En 1543 ingresó en la orden el primer alemán, san Pedro Canisio, y en 1548 el duque de Gandía, san Francisco de Borja, biznieto de Alejandro VI y amigo personal de Carlos V; el ingreso de este último causó sensación en toda Europa.