Fin del concilio de Trento
La gloria de Pío IV se cifra en haber continuado y llevado a su feliz terminación el concilio de Trento. El infatigable Borromeo tuvo también esta vez que superar las más enfadosas dificultades diplomáticas, para que en 1562 pudieran reanudarse finalmente las sesiones. El número de padres era ahora mayor que antes. En la sesión vigesimoprimera tomaron parte más de doscientos prelados. En ella se promulgó el decreto sobre la comunión bajo las dos especies, que había sido uno de los puntos más discutidos.
Se determinó que los laicos no estaban obligados a comulgar con las dos especies; bajo cualquiera de éstas se recibía el sacramento entero, y la Iglesia podía prescribir una determinada forma de recibirlo, que el individuo no podía cambiar a su capricho.
Por lo demás, Pío IV ya antes había concedido el cáliz de los laicos a algunas provincias eclesiásticas alemanas, a saber, Maguncia, Tréveris y Estrasburgo, y luego a Bohemia y Hungría, cediendo a instancias de los príncipes católicos, los cuales esperaban así eliminar uno de los motivos de disensión con los protestantes. Pero no se obtuvo el resultado propuesto; la población católica sacó pocos beneficios de esta concesión, que los protestantes interpretaron como una debilidad. Finalmente fue revocada a instancias de los mismos príncipes que la habían solicitado.
La sesión vigesimosegunda trajo el decreto dogmático sobre el sacrificio de la misa y decretos de reforma referentes a la celebración del culto. La vigesimotercera sesión trató del orden sagrado y dictó decretos sobre la preparación de los futuros sacerdotes, especialmente mediante la fundación de seminarios. En la sesión vigesimocuarta se decidió la doctrina relativa al sacramento del matrimonio, al tiempo que se atenuaban los impedimentos canónicos, simplificando así el derecho matrimonial.
En la sesión vigesimoquinta se publicó la doctrina sobre el purgatorio, el culto de los santos y las indulgencias. Hecho esto, los padres, convencidos de haber llevado a término el trabajo principal y de que el resto podía resolverlo el papa por la vía ordinaria, aceleraron el fin del concilio. Y puesto que tanto Borromeo como el propio papa deseaban también su conclusión, el 4 de diciembre de 1563 el presidente, cardenal Morone, declaró cerrado el concilio en una sesión solemne. Al año siguiente Pío IV confirmó en una bula todos los decretos del concilio. Los decretos se imprimieron, y para su interpretación auténtica se nombró una congregación especial de cardenales.