Inauguración del concilio
Finalmente, en el año 1544 Carlos V y Francisco I resolvieron sus diferencias sobre la cuestión milanesa en el tratado de Crespy. Ambos se declararon entonces en favor del concilio, y así el 13 de diciembre de 1545, más de diez años después de la primera convocación, pudo inaugurarse solemnemente. Presidentes eran los cardenales legados Monte, Cervini, Pole. Al principio sólo asistían veinticinco obispos, además de cinco generales de órdenes, entre ellos el eminente Seripando, general de los eremitas de san Agustín, la orden a la que había pertenecido Lutero.
Inmediatamente surgieron dificultades a propósito del orden en que debían tratarse las materias. El papa deseaba que ante todo se dictaran definiciones dogmáticas para poner en claro los puntos doctrinales discutidos. Carlos V quería dejar para más tarde las cuestiones teológicas, para no excitar a los protestantes, y proponía que se aprobaran primero los decretos de reforma, para demostrar ante los protestantes la buena voluntad de la Iglesia. Al fin se convino que en cada sesión se adoptaran contemporáneamente decretos dogmáticos y de reforma.
En el año 1546 se celebraron dos sesiones. En la primera, que es contada como la cuarta del concilio, se promulgó el decreto sobre el canon de la sagrada Escritura, y en la quinta el decreto sobre la doctrina del pecado original. El tiempo intermedio entre las dos se llenó con deliberaciones teológicas. Había aumentado el número de obispos asistentes, muchos de los cuales habían traído sus asesores teológicos.
Al año siguiente se presentaron también los enviados del rey de Francia. En la sexta sesión se aprobó el decreto sobre la justificación, que era el punto central de toda la polémica doctrinal. Este decreto dogmático es una obra maestra en su género, prudente y claro. En la séptima sesión se decidió la doctrina católica sobre los sacramentos en general y sobre el bautismo en particular. Entonces se produjo una interrupción.
La desdichada cuestión de Milán había dado lugar a un nuevo conflicto, esta vez entre el emperador y el papa. A Paulo III le hubiera gustado hacer duque de Milán a su hijo Pedro Luis, que era ya señor de Parma y Plasencia. Gonzaga, el gobernador imperial de Milán, creyó prestar un buen servicio al emperador haciendo asesinar a Pedro Luis Farnesio.
Paulo III, herido en lo más vivo por el crimen y sospechando, no sin motivo, que éste no se había perpetrado sin connivencia del emperador, cansado además, y ya de antes, de la excesiva presión que Carlos V ejercía en Trento, trasladó el concilio a Bolonia, o sea, a territorio de la Iglesia. Esto irritó sobremanera al emperador, el cual se retiró del concilio, en el preciso momento en que infligía en Mühlberg una decisiva derrota a la Liga de Esmalcalda. Antes de que pudiera llegarse a una reconciliación entre el emperador y el papa, murió Paulo III.
La conducta de Paulo III en la cuestión milanesa y el traslado del concilio, que equivalía a su disolución, fueron sin duda errores graves. Sin embargo, queda para Paulo III el mérito de haber llevado a efecto el concilio, sobreponiéndose a todas las dificultades, y de haberle fijado el método de trabajar más acertado. Sus sucesores pudieron recoger, en mejores circunstancias, la cosecha que él había sembrado.
