Gregorio XIII (1572-1585)
En el conclave las figuras directivas volvían a ser los cardenales Farnesio y Borromeo. Muchos se inclinaban por hacer papa a Farnesio, pero Felipe II interpuso su veto, pues no quería que fuera papa ningún miembro de una de las familias que reinaban en Italia. Así Farnesio y Borromeo se pusieron de acuerdo en recomendar la elección del cardenal Boncompagni.
Gregorio XIII siguió siendo durante su vida entera el jurista práctico y sensato que había sido ya cuando actuaba como profesor en la universidad de Bolonia, donde había contado entre sus discípulos a Morone y Pole, a Otto Truchsess y Estanislao Hosius. Había además adquirido una amplia visión política y un gran conocimiento de los negocios gracias a sus largos años de servicio en la curia y en misiones diplomáticas. Su religiosidad había ganado en hondura gracias a su trato con san Carlos Borromeo.
Como papa, Gregorio XIII siguió siempre sinceramente adicto al santo arzobispo de Milán y hacía frecuente uso de sus consejos, a pesar de ser éste treinta y cinco años más joven que él, y de que no siempre era cómodo tenerlo de asesor, habituado como estaba a exigir el máximo, tanto de sí mismo como de los demás. Con gran dolor recibió el papa en 1584 la noticia de la muerte del santo.
Gregorio XIII gobernó totalmente de acuerdo con el espíritu de Trento, con el de su santo predecesor y con el de Borromeo. Fomentó la vida de las órdenes, aunque no quiso que ningún miembro de una orden fuera cardenal. Para los jesuitas, a los que apreciaba sobremanera, edificó el espacioso Colegio Romano, institución que aún hoy es, aunque no en su primitivo edificio, universidad papal de Roma y, para distinguirla de la antigua Sapienza, que hoy ha pasado al Estado, es conocida con el nombre de «Universidad gregoriana», en recuerdo de su fundador. El papa, a fuer de antiguo profesor universitario, sentía un interés especial por esta fundación suya. Cuando el famoso teólogo español Francisco Suárez fue llamado a Roma, asistió personalmente a su lección inaugural.
Fomentó sobre todo los estudios y la educación del clero. Fundó una serie de seminarios especiales para los países en los que se había impuesto la herejía, y ayudó a otros por medio de generosas fundaciones, como al colegio alemán, o Collegium Germanicum de Roma, y al colegio inglés de Douai.
Versado como era en el derecho y la administración, aumentó y reorganizó los organismos centrales de la Iglesia, las congregaciones de cardenales, obra que fue terminada por su sucesor Sixto V. Estos dos papas dieron a la curia romana la forma que aún hoy la caracteriza. Gregorio XIII reorganizó también el sistema de las nunciaturas. Existían entonces en Italia cuatro nunciaturas permanentes, en el reino de Nápoles, ante el duque de Saboya en Turín, ante el gran duque de Florencia y en la república de Venecia; había además nuncios en Viena, ante el emperador, y en los reinos de Francia, España, Portugal y Polonia. Gregorio instituyó dos más, una en Colonia para el occidente de Alemania, y otra en Suiza.
El nombre de Gregorio XIII va además unido a la reforma del calendario. El calendario entonces vigente, que se remontaba a Julio César, se había retrasado ya diez días con respecto al año solar. El papa restableció la armonía entre el año solar y el oficial por medio de una regulación de los años bisiestos. Los países protestantes, llevados de su hostilidad al papa, tardaron mucho en adoptar la reforma, cuya oportunidad nadie discutía; algunos no la introdujeron hasta el siglo XVIII, y los rusos no la han adoptado hasta estos últimos años.