La conversión de los indígenas
Los métodos misionales empleados en la América española eran, al principio, muy primitivos. Generalmente bastaba con que los indígenas destruyeran o dejaran destruir sus ídolos para que se procediera a su bautismo en masa. Se consideraba que ello era signo suficiente de su voluntad de abrazar el cristianismo, y la educación catequística y moral se dejaba a la posterior y ordinaria labor pastoral.
Hay motivos para pensar que para muchos indígenas la recepción del bautismo no era sino un signo de sumisión a los nuevos señores contra los cuales tanto sus antiguos caudillos como sus dioses se habían revelado impotentes.
En Méjico, Perú y en general en las regiones intensamente colonizadas, después de la administración del bautismo se procedía a desarrollar una acción catequística muy eficaz. Por doquier, incluso en las más insignificantes aldeas, surgían escuelas o, al menos, «doctrinas», escuelas catequísticas. Se disponía del suficiente número de sacerdotes para la cura de almas.
La Inquisición velaba para que desaparecieran los últimos restos de costumbres e ideas paganas, y, a juzgar por las muchas actas aún conservadas, no puede decirse que aplicara en ello un rigor excesivo. Como, además, en estas regiones se produjo una intensa mezcla racial, por el matrimonio de cristianos viejos españoles y cristianos nuevos indígenas, bastaron unos decenios para que se formara una población totalmente cristiana y arraigada en el país.
En las regiones más alejadas de los centros de cultura, y téngase en cuenta que estos centros no constituían sino islotes relativamente poco extensos, las órdenes religiosas organizaron un gran número de expediciones misionales para operar sobre la población indígena, extraordinariamente dispersa.
Los misioneros no ahorraron trabajos ni sacrificios, muchos de ellos sangrientos, y obtuvieron algunos éxitos, mas por lo general efímeros. Justamente en las regiones apartadas era donde más pernicioso resultaba el contacto con los europeos, ya que en éstos los indios sólo veían a unos aventureros peligrosos, cuyas expoliaciones no quedaban compensadas con la aportación de bienes de cultura, como en las colonias organizadas. Esto impulsó a los misioneros a ensayar, desde el siglo XVI, un nuevo método, el de las llamadas «reducciones».