El patronato real
La reconquista de España del poder de los musulmanes había sido considerada por la nación entera como una empresa religiosa, como una cruzada. Para los papas era asimismo evidente que, por su lucha en pro de la extensión del reino de Dios, los reyes españoles se hacían merecedores de especiales concesiones. Fernando e Isabel habían obtenido de Inocencio VIII el patronato sobre todos los beneficios eclesiásticos del reino de Granada que se proponían conquistar, y con ello el derecho de presentación para todos los titulares de cargos de la Iglesia, incluso los obispos.
La conquista de Granada tuvo efecto en 1492, y en el mismo año Colón arribó a las Indias occidentales. La conquista del Nuevo Mundo apareció, pues, como una continuación de la reconquista en España. Julio II extendió en 1508 el derecho de patronato de Granada a las nuevas tierras conquistadas, cuyas dimensiones en aquel tiempo, nadie podía sospechar.
Los reyes españoles, y en especial Carlos V y Felipe II, concebían el patronato no sólo como un derecho, sino como una grave responsabilidad. Felipe II llegaba a considerarse como vicario del papa, con el cometido de velar por la propagación de la fe en los nuevos territorios. Esta idea del vicariato real recibió una fundamentación teológica a principios del siglo XVII por obra del canonista Solórzano.
En la administración del patronato se procedió con el inexorable burocratismo característico de los gobiernos españoles. Todos los cargos eclesiásticos de América, desde los arzobispos de Méjico y Lima hasta el último sacristán, eran cubiertos por el gobierno. No se admitían nuncios ni legados apostólicos, ni se permitía las menor intervención a la congregación De Propaganda Fide, ni siquiera en las misiones de infieles. Vanas fueron todas las protestas de la Propaganda, así como la inclusión en el índice de la obra de Solórzano.
Un decreto de 1629 imponía a los obispos el juramento de no oponerse al patronato real en ningún tiempo ni en ninguna manera. Ello suponía, entre otras cosas, que los obispos sólo podían entrar en relación con Roma a través del Consejo de Indias. Un abuso particularmente grave era el unilateral nombramiento de obispos por el gobierno, sin confirmación canónica del papa; es verdad que en este caso se llamaban sólo «obispos designados», pero en la práctica poseían todas las atribuciones propias de su cargo.
No puede negarse, por otra parte, que la corona tomaba perfectamente en serio las obligaciones que el patronato le imponía. Fruto del patronato eran el orden e incluso esplendor de que gozaba la Iglesia. Su excesiva vinculación al aparato estatal dañó poco a la Iglesia, mientras al frente del Estado hubo un monarca tan penetrado de su responsabilidad religiosa como Felipe II.
El sistema empezó a resultar peligroso en el siglo XVIII, cuando empezaron a infiltrarse en las esferas gubernamentales las ideas enciclopedistas y hostiles a la Iglesia. Entonces se advirtió la necesidad de liberar a la Iglesia de la tutela estatal, pero la liberación sólo pudo realizarse a través de las más graves crisis.
