Comienzos
En su primer viaje de 1492 Colón llevaba en su carabela como capellán a Pedro de Arenas, el cual fue, por consiguiente, el primer sacerdote que pisó tierra americana. Hoy, en cambio, se considera comúnmente que el primer misionero que llegó al Nuevo Mundo fue el catalán Bernardo Boil, mínimo y discípulo de san Francisco de Paula, el cual tomó parte en el segundo viaje. Muy pronto aumentó el número de los misioneros.
El cardenal Cisneros ordenó en 1516 que todo navío español llevara un sacerdote; en 1526 Carlos V dispuso que todas las flotas españolas llevaran a América clérigos regulares en calidad de misioneros. Así el aflujo de clérigos a América fue considerable desde un principio; en primera línea figuraban franciscanos, dominicos, agustinos y mercedarios.
En Haití los franciscanos habían fundado ya en 1509 tres conventos con quince frailes. En 1510 desembarcaron en la isla dominicos. En 1511 llegaron a Puerto Rico veinticuatro franciscanos.
Ya en 1504 fue decidida la organización de una jerarquía para las Antillas, antes aún de que los españoles sentaran pie en el continente. Los primeros obispados efectivamente establecidos no aparecen, empero, hasta 1511: Santo Domingo y Concepción de la Vega en Haití, San Juan en Puerto Rico, y poco después Baracoa y Santiago en Cuba.