Perú
Mientras en Méjico el territorio propiamente colonial formaba una llanura continua y densamente poblada, de menor extensión que la madre España, el virreinato del Perú se extendía sobre territorios inmensos, en los que las llanuras colonizadas formaban como islas, separadas unas de otras por amplios espacios casi vacíos.
Los principales centros culturales eran cuatro: uno en la costa del Caribe, alrededor de Cartagena, y tres en las altas mesetas de los Andes: Bogotá en la actual Colombia, Quito en el actual Ecuador y la región del lago Titicaca, hoy partida entre Perú y Bolivia. Lima, situada solitaria en la costa, venía en cierto modo a constituir la capital de esta última. Venían luego dos centros más, muy hacia el sur, uno a cada lado de la cordillera andina: Santiago de Chile al oeste y Tucumán al este.
Las primeras sedes episcopales surgieron en América Central: Panamá en 1520 y Nicaragua en 1521. Siguieron las diócesis ribereñas del Caribe, Santiago de Venezuela (Caracas) en 1530, Santa Marta en 1531, Cartagena en 1534. La diócesis de Lima fue fundada en 1543, y dos años después elevada a arzobispado.
El segundo arzobispado fue el de Bogotá, al que quedaron sometidas las diócesis nórdicas de la vertiente atlántica, mientras que la costa del Pacífico, desde Panamá a Chile pertenecía a Lima. La tercera sede metropolitana fue la de Charcas, instituida en 1609 en el alto Perú, hoy capital de Bolivia con el nombre de Sucre. A Charcas pertenecían las diócesis andinas de Santa Cruz de la Sierra, La Paz, Ayacucho, y además Tucumán, Buenos Aires y Asunción. Esta organización eclesiástica perduró hasta el fin de la época colonial. No fue afectada ni por la creación de dos nuevos virreinatos, el de Nueva Granada (Colombia) en 1710 y el de La Plata en 1776.
Durante la era colonial, el centro eclesiástico más importante fue Lima. Su universidad poseía a fines del siglo XVI veinte cátedras y ciento ochenta doctores y maestros con mil doscientos estudiantes. El cabildo catedralicio constaba de cinco dignidades, veintidós canónigos y treinta capellanes. El prestigio de la sede arzobispal de Lima aumentó especialmente por obra de su segundo titular, santo Toribio Alfonso Mogrovejo (1581-1606), el san Carlos Borromeo de América.
Celebró tres concilios provinciales y trece sínodos diocesanos. En el primer concilio de 1582 se elaboraron dos catecismos, uno mayor y otro menor, directrices para los confesores y un libro de sermones; todas estas obras fueron impresas en español y en dos lenguas indígenas. Tres veces recorrió santo Toribio en visita pastoral su diócesis entera, que abarcaba aproximadamente lo que hoy es república del Perú, y murió durante la cuarta. Se dice que administró un millón de confirmaciones.
En tiempos de santo Toribio la ciudad de Lima tenía cinco parroquias, diez hospitales y otras instituciones benéficas, ocho conventos femeninos y dieciséis masculinos. De éstos cada una de las órdenes de franciscanos, dominicos, agustinos y mercedarios poseía tres. Los jesuitas tenían cuatro, entre ellos una escuela superior para jóvenes indios. El geógrafo inglés W. Burck se sorprendió, a principios del siglo XVIII, de la gran cantidad de instituciones religiosas que había en Lima. Contó cincuenta y cuatro iglesias, veinte conventos masculinos y doce femeninos, y muchas fundaciones de beneficencia.
Como en Méjico, también en Sudamérica se han conservado magníficas construcciones religiosas de la era colonial, en Lima, Cuzco y sobre todo en Quito.
