Debido a la dimensión mítica de estas religiones históricas, los judíos, los cristianos y los musulmanes siguieron utilizando la mitología para explicar sus percepciones o reaccionar ante una crisis. Todos sus místicos podían recurrir a los mitos. Las palabras misticismo, mito y misterio están emparentadas con el término griego musteion, «cerrar los ojos o la boca». Todas se refieren a experiencias crípticas e inefables, porque están más allá del habla, y más relacionadas con el mundo interior que con el exterior. Los místicos realizan un viaje a las profundidades de la psique mediante las disciplinas de la concentración que, desarrolladas en todas las tradiciones religiosas, se han convertido en una versión del mítico viaje heroico. Dado que la mitología analiza esta dimensión interna y oculta, es lógico que los místicos describan sus experiencias a través de mitos que a primera vista podrían parecer incompatibles con la ortodoxia de su tradición.
Eso queda especialmente claro en la Cabala, la tradición mística judía. Ya hemos visto que los autores bíblicos eran hostiles a la mitología babilónica o siria. Pero los cabalistas imaginaron un proceso de evolución divina que guarda cierta similitud con la teogonía gradualista formulada en el Enuma Elish. Del incognoscible e inescrutable Altísimo, que los místicos llamaban En Sof («Sin Fin»), surgieron diez sefirot divinas, diez emanaciones que representan el proceso por medio del cual En Sof había descendido de su solitario retiro y se había revelado a los seres humanos." Cada sefirah es una etapa de esa revelación progresiva y tiene su propio nombre simbólico. Cada una hace que el misterio del Altísimo sea más accesible a la limitada mente humana. Cada una es una Palabra de Dios, y también el medio por el que Dios creó el mundo. La última sefirah se llamaba Shekhinah, la presencia divina de Dios en la tierra. Muchas veces, Shekhinah se concebía como mujer, es decir, como el aspecto femenino de Dios. Algunos cabalistas hasta imaginaban a los elementos masculino y femenino de la divinidad manteniendo relaciones sexuales, una imagen de plenitud y reintegración. En algunas formas de la Cabala, Shekhinah deambula por el mundo: es una novia que se ha perdido y se ha alejado del Altísimo, exiliada del reino divino, y que anhela regresar a su origen. Mediante la cuidadosa observancia de la ley de Moisés, los cabalistas pueden poner fin al exilio de Shekhinah y devolverle el mundo a Dios. En los tiempos bíblicos, los judíos despreciaban el culto local a diosas como Anat, que había vagado por el mundo en busca de su divino cónyuge y había celebrado su reencuentro sexual con Baal No obstante, cuando los judíos intentaron encontrar una manera de expresar su percepción mística de lo divino, este vilipendiado mito pagano recibió su aprobación tácita.
La Cabala no parecía tener una justificación bíblica, pero antes del período moderno solía darse por sentado que no había versiones «oficiales» de los mitos. La gente siempre se había sentido con libertad para elaborar un nuevo mito o una interpretación innovadora de una narración mítica antigua. Los cabalistas no interpretaban la Biblia de forma literal; desarrollaron una exégesis que hacía que cada una de las palabras del texto bíblico se refiriera a otra de las sefirot. Cada verso del primer capítulo del Génesis, por ejemplo, describía un suceso que tenía su equivalente en la vida oculta de Dios. Los cabalistas no tuvieron reparos, por ejemplo, en inventar un nuevo mito de creación que no guardaba ningún parecido con el relato del Génesis. Después de que en 1492 los Reyes Católicos expulsaran a los judíos de España, muchos judíos ya no podían identificarse con el sereno y ordenado mito de creación del Génesis I, de modo que el cabalista Isaac Luria (1534-1572) compuso una historia de la creación completamente diferente, llena de falsos inicios, errores divinos, explosiones, violentos reveses y desastres cuyo resultado final fue una creación imperfecta, donde nada estaba en el sitio que le correspondía. En lugar de desconcertar al pueblo judío por su heterodoxo alejamiento de la historia bíblica, la cabala de Luria se convirtió en un movimiento de masas entre los judíos. Pero el mito, que reflejaba la trágica experiencia de los judíos del siglo XVI, no iba solo: Luria también inventó ceremonias, métodos de meditación y disciplinas éticas que daban vida al mito y que lo convirtieron en una realidad espiritual en la vida de los judíos de todo el mundo.
Encontramos ejemplos parecidos en la historia cristiana y en la musulmana. Cuando cayó el Imperio Romano de Occidente, san Agustín (354-430), obispo de Hipona, en el norte de África, reinterpretó el mito de Adán y Eva y elaboró el mito del Pecado Original. A causa de la desobediencia de Adán, Dios castigó a toda la raza humana con la condenación eterna (otra idea sin fundamento bíblico). El sentimiento de culpa heredado se transmitió a todos los descendientes de Adán a través del acto sexual, que estaba contaminado de «concupiscencia», el deseo irracional de obtener placer de las criaturas mortales en lugar de obtenerlo de Dios, una consecuencia permanente del primer pecado. La concupiscencia se hacía plenamente evidente durante el acto sexual, cuando Dios queda olvidado por completo y los mortales se deleitan sin pudor el uno con el otro. Esta visión de la razón debilitada por un caos de sensaciones y pasión anárquica era inquietantemente similar al espectáculo de Roma, la fuente de racionalidad, ley y orden de Occidente, debilitada por los ataques de los bárbaros. Los cristianos de Occidente suelen considerar que el mito del Pecado Original es algo esencial para su fe, pero los ortodoxos griegos de Bizancio, donde el Imperio Romano no se derrumbó, nunca han aprobado del todo esta doctrina, no creen que Jesús haya muerto para salvarnos de las consecuencias del Pecado Original y afirman que Dios se habría hecho humano aunque Adán no hubiera pecado.